氢气在医学上存在许多优点，特别突出的是具有选择性抗氧化作用，对人体的极大安全性，组织内容易扩散等三大优点。但是氢气不可能解决所有的医学问题，例如神经组织损伤就存在神经细胞难以再生的障碍。不过这是再生医学重点解决也是最值得期待的问题。如此把氢气和干细胞结合起来，就可以产生强强联合的作用。不仅对脑损伤，对糖尿病、对帕金森病等这些存在特定难以再生细胞的疾病，是一种比较完美的解决思路。
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干细胞是否能和氢气联合使用，这是一个很有意思的话题。氢气改善疾病目前仍然处于早期阶段，干细胞的临床研究也是正在前进的领域，两个没有成熟的领域放一起就更谈不是应用，而更多的是理论探讨。干细胞和氢气的作用存在交叉，但肯定存在很大不同，有不同的作用是联合使用的重要基础，另外氢气对干细胞也有一定意义，例如保护干细胞避免受到免疫排斥，增加干细胞的功能等。这都是可以探讨和研究的课题。
氢气和干细胞之间关系的研究目前仍然比较少，2009年曾有学者证明氢气能保护应激导致的神经干细胞丢失，本质是将干细胞作为一种病理表现，而不是从干细胞功能角度来考虑的。
脑卒中(stroke)严重危害人类健康和生命安全，存在着发病率高、致残率高、死亡率高和易复发现象。根据统计中国每年发生脑中风病人达200万，致残率高达75%。缺血性脑卒中是最常见的类型，约占脑卒中疾病的85%，在颅内动脉血栓形成和栓塞是缺血性卒中的主要原因。目前对急性缺血性脑卒中改善措施主要包括静脉或动脉内溶栓改善、经皮腔内血管形成术和血栓切除术。迄今为止，临床用于急性脑缺血改善药物组织型纤溶酶原激活剂(rt-PA)的改善时间窗只有3-4.5小时，因此仅有很少的病人能够在有限时间内用该药进行溶栓;而且经皮腔内血管形成术介入改善患者在一年内脑卒中复发率高达20%。随着干细胞工程的发展，已经证明间充质干细胞、神经干细胞、内皮祖细胞(EPCs)和骨髓来源其他细胞在不同程度上促进缺血性脑卒中的恢复。
在脑卒中发展过程中存在明显的炎症反应，产生大量的炎症因子，如：白介素-1、肿瘤坏死因子-α、γ干扰素和白细胞介素16等。过度的炎性反应则会产生大量活性氧(ROS)，活性氧和炎症因子在脑卒中过程中不仅具有神经毒性损伤的作用，而且损伤个体本身或移植的干细胞功能，因此脑卒中个体微环境难以让移植干细胞存活并行使其修复功能。近期大量研究发现氢分子能清除组织和细胞的大量活性氧，抑制缺血再灌注损伤引起的炎症反应，改善缺血再灌注损伤造成的记忆能力减退，樊赛军等发现富氢水减轻造血干祖细胞的辐射损伤。因此我们推测，氢气和干细胞联合改善可能对脑卒中具有更好的改善效果，氢气可以清除脑卒中诱导的大量活性氧，抑制炎症因子，从而保护移植干细胞免受炎症因子的损伤，从而修复脑卒中血管和神经的损伤。
