禁忌症是适应症的反义词，指药物不适宜应用于某些疾病、情况或特定的人群（儿童、老年人、孕妇及哺乳期妇女、肝肾功能不全者）。或应用后会引起不良后果，在具体给药上应予禁止或顾忌。按照这个定义，所谓禁忌症是指使用这种药物可导致不良后果的情况。禁忌症存在不同的级别，有一些情况没有那么严重可以用顾忌或慎用，只有会出现严重不良后果的情况才绝对禁止使用。氢气的不良作用目前很少有研究，这给选择和确定禁忌症带来很大的困难。或者说关于禁忌症的情况目前并不明确，也谈不上不同级别的情况。
学术界对氢气本身安全性的基本认识是，氢气对人几乎没有任何毒性，虽然这里的人是指所有人，但获得的主要证据大多数是来自潜水医学，而潜水医学的研究对象都是身体健康超过平均的健康成年人，对动物的研究可能范围会大，但也都来自健康动物为主。潜水医学的研究显然不包括老年人、孕产妇和婴幼儿，甚至不包括一般疾患。最近10年关于氢气医学的临床试验，可能更多是针对某些疾病患者，也没有发现氢气存在系统性不良反应，这也应该是氢气安全性证据的一个重要来源。
氢气的相对安全性超过氧气、空气和氮气，那么氢气几乎适合于所有人群，按照这样的推测，氢气的使用似乎没有禁忌症。这种说法理论上存在错误的风险。因为氢气医学效应的发现毕竟比较晚近，我们对氢气的生物医学效应了解不够全面，人等生物系统本身高度复杂，且存在巨大个体差异。过去我们所以认为氢气对人没有任何毒性作用，基础是氢气对人没有任何生物学作用，没有作用就是没有正面作用，也没有负面作用。但是现在研究表明氢气能治疗疾病，对许多疾病具有潜在治疗价值，再说绝对没有副作用就等于说不承认这些研究了。况且，安全性高也等于没有禁忌症。例如各种维生素，都是正常食物成分，但药用维生素仍然有许多禁忌症。
总之，氢气也应该有禁忌症，但哪些情况应该是禁忌症我们真的还不清楚。
氢气应用方面的禁忌症，有两个值得大家参考的现成案例。一是美国GRAS认证中关于氢水的描述，是没有任何证据发现氢水不适合老年和婴幼儿等特殊人群饮用，这种描述可以认为只要能喝水的人都可以喝氢水。另一个是中国食药监局关于氢氧雾化吸入机的禁忌症，是不能用于1.妊娠、哺乳期妇女；2.精神或躯体上的残疾患者；3.严重的心脏疾病病史；4.已知对吸入治疗不耐受者。为什么这些人不能使用？我的理解是这样的，这些情况是否有危害目前没有任何证据，只是为了确定禁忌症而拍脑门写上去，可能是因为医疗器械申请的要求中必须有这个内容。
我的建议是，选择禁忌症可以根据理论风险高低，如哮喘活动期、严重癫痫、心衰、开放性气胸、对氢气吸入过敏等，就是某些疾病使用任何疗法都存在比较大风险，可以暂时列为禁忌。为什么选择这些情况，并不是氢气的问题，而是这些情况危险度很高，需要采用紧急救治，救命才是主要矛盾，氢气的作用并不能帮助救命，只能在缓解损伤中发挥作用，因此不适合。对氢气过敏是刚提出的情况，并没有公认的说法，只是发现极少数人用氢气会产生很大反应。
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