氢气的医疗应用价值不仅在于对急性病的改善，对慢性病的预防和干预也非常重要，预防作用是减少发病率，干预则是推迟和延缓并发症产生。
例如肥胖患者采用氢气吸入或氢水饮用方法，可以减少糖尿病和高血压发生。对已经发生慢性病的患者，重点是通过氢气和常规药物改善，减少并发症的发生，提高慢性病患者的生活质量。
氢气对炎症和氧化损伤也有一定效果，但这些效果并不是特别强烈，这更适合于许多慢性病本身的病理生理特点，例如糖尿病、阿尔茨海默病、动脉硬化和高血压，这些疾病虽然也存在炎症和氧化损伤等病理过程，但都不如急性炎症疾病那样剧烈，温和的病变过程适合温和的改善工具，氢气对这些问题的改善恰到好处。
大量的研究表明，长时间使用氢气产品如饮用氢水和吸入氢气，对许多慢性病患者能产生一定的缓解作用，一部分患者能取得非常好的改善效果。由于慢性病越来越成为经济发达社会的沉重负担，影响范围大，人群数量多，氢气医学作为综合措施的一部分，只需要产生一定比例的作用，只需要产生一定程度的效果，就可以带来不可限量的社会效应。
