金属镁曾经作为改善胃炎的药物使用，在胃酸作用下，金属镁可以迅速产生氢气，关于这种方法是否可以达到利用氢气改善疾病的目的，目前实验证据还不够充分。
氢健康产业中有含氢负离子(也可以称为氢阴离子或者氢负离子)的保健食品。氢气作为氧化剂氧化某些金属或非金属产生的化合物(如氢化镁、氢化钙和氢化硅等)中，氢气作为负离子参与化合物构成。这些氢化物具有非常活泼的化学性质，与水接触会迅速发生反应并释放大量氢气。因此，氢负离子的本质作用应该是氢气。但口服氢化物对食物和肠道的作用可能比较复杂，应进行深入研究和探讨。
一些临床药物也影响肠道菌群产生氢气，例如他汀类药物能抑制甲烷菌，而甲烷菌可利用氢气产生甲烷，这类药物间接抑制细菌代谢氢气从而增加肠道内氢气含量，推测这可能是他汀类药物产生心脏保护作用的原因之一。
