第二军医大学孙学军教授课题组在发表国内第一篇氢气医学论文后，考虑到吸入氢气研究需要的设备较为复杂，加上氢气具有易燃易爆的特性，很多学者对此有畏惧心理。从科学研究的便利性和创新性角度出发，孙教授课题组研发制作氢饱和生理盐水(利用气体加压装置促进氢气在水溶液中溶解)用于氢气医学研究，首次证实腹腔注射氢气饱和生理盐水也能有效地改善新生儿缺血缺氧性脑病。该课题组先后与多家研究机构合作开展研究(包括小肠缺血后损伤、急性胰腺炎、脊髓损伤、胆管阻塞损伤、慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)、阿尔茨海默病、动脉粥样硬化、皮肤移植后损伤保护和噪声性耳聋等)。同时课题组还开展一氧化碳中毒迟发性脑病、潜水减压病、慢性氧中毒肺损伤等氢气医学研究项目。从2008年至2018年，孙学军教授课题组先后发表氢气改善各类疾病方面的论文100多篇，论文发表数量超出该领域第二和第三的研究课题组的论文数量总和，是国际上氢气医学领域发表论文最多的课题组。许多论文都是国际首次报道的氢气医学效应研究，对中国氢气医学研究的迅速发展起了极大的促进作用。
中国的情况不同于日本，日本是氢气医学产业优先于学术，中国则是氢气医学学术研究推动了氢气健康产业的发展。中国学者在氢气医学研究方面有比较大的贡献，2009年，本书主编孙学军教授申请获得第一个国家自然科学基金项目，截至2018年相继获得90多项国家自然科学基金项目。先后参与氢气医学研究的中国学者有数千名，发表了600多篇学术论文。从事氢气医学学术研究的研究生超过200名，相关毕业论文达到200多篇。过半的国际氢气生物医学同行评议学术论文来自中国。2013年，孙学军教授主编出版了第一本氢气医学专著《氢分子生物学》，该书在普及氢气医学知识、推动中国氢气医学健康产业的发展方面发挥了重要作用。2015年，孙学军与太田成男教授合作，以《氢分子生物学》为基础，组织撰写英文专著《氢气医学生物学》，使氢气医学知识的传播产生了国际影响。
但是，中国学者在临床研究方面明显不足，国际上近50篇临床研究论文中，中国学者发表的论文不超过10篇。其中，山东泰山医学院秦树存教授团队的氢水对血脂调节效应、复旦大学华山医院皮肤科骆肖群教授的氢水沐浴改善银屑病、同济大学同济医院余少卿教授的氢水冲洗改善过敏性鼻炎、301医院营养科的饮用氢水改善痛风、河北医科大学的氢气吸入抗雾霾都开展了比较系统的研究。值得注意的是，近年来我国多家医疗机构和氢气医学创新企业开展氢气针对癌症的试验性改善，许多患者取得了非常神奇的效果，有的晚期癌症患者肿瘤消失，转移患者的关键指标恢复正常，这些个案虽然还不能作为氢气改善癌症的高质量证据，但提示了氢气医学研究的方向。2019年6月，广州复大肿瘤医院总院长徐克成教授对氢气改善癌症的个案进行系统整理，主编成《氢气控癌：理论和实践》出版，是中国氢气医学临床研究的标志工作之一，对氢气医学研究的推广和传播产生了重要影响。2020年，国家市场监督管理总局将氢氧雾化机批准为辅助改善慢阻肺急性发作的三类医疗器械。国家卫生健康委员会在《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》中将氢氧混合气吸入作为推荐疗法。
中国也先后建立了一些氢气医学学术组织。2013年，上海氢分子医学康复专业委员会成立，这是中国第一个地方氢气医学学术组织，此后连续多年组织学术会议。2014年，中国医疗保健国际交流促进会氢分子生物医学分会成立，先后组织了6次学术会议，每次会议都非常成功并取得了很好的交流宣传效果。2015年，设立中国健康促进基金会氢分子生物医学发展专项基金。2017年，全国卫生产业企业管理协会氢医学健康产业分会成立，开展制定了四项团体标准。2017年，上海汇康氢医学研究中心在孙学军教授的指导下成立，特别邀请烧伤科专家夏照帆院士担任荣誉顾问，汇康氢医学研究中心在上海科协的领导下开展工作，目前已经成功举办两届氢气医学转化论坛。
