氢气也有安慰剂效应。理论上，任何药物和改善方法都会有安慰剂效应。氢气对疾病改善和健康促进等方面，也会存在安慰剂效应。在氢气的众多作用中，尤其是个案，绝对不可能排除安慰剂效应，某些情况下甚至只有安慰剂效应，也有一情况有反安慰剂效应。
安慰剂效应，指病人虽然获得无效的改善，但却“预料”或“相信”改善有效，而让病患症状得到舒缓的现象。这种效应和疗法无关，是来自病人自己的相信。安慰剂效应的存在也证明了人体自身具有改善疾病的能力，这是容易理解的。人体是一个适应环境的复杂系统，本身就有各种自我调节和自我修复系统，最典型的就是免疫系统。面对内部损伤和外来侵害，免疫系统能非常巧妙地发挥抵御入侵，修复组织的强大作用。这都是安慰剂效应的基础。所以说安慰剂效应是身体自身的正常功能反应，这可以和疗法本身没有必然因果联系。你可以使用一个糖果，也可以使用淀粉，也可以使用有一些暗示的色彩和味道，只要能引起病人的注意，都有加强安慰剂效应的可能。一般来说，过程越复杂，越神秘，越新奇，产生安慰剂效应的可能性越大。自身功能关系密切的疾病安慰剂效应越明显，例如神经系统疾病的疼痛、抑郁症和帕金森病就存在非常高的安慰剂效应比例。但代谢性疾病如糖尿病的安慰剂效应就不太显著。氢气疗法有多种类型，至少具有新奇性，有一些方法比较复杂，例如需要设备和操作过程，这些都是产生安慰剂效应的重要基础。
新药物研究必须排除安慰剂效应。不排除安慰剂效应，无法判断一种药物和改善方法是真的有效还是病人安慰剂效应产生的。当今临床研究中RCT已经是标准的研究方法，其核心就是双盲安慰剂对照，主要目的就是排除安慰剂效应。由于安慰剂效应的特点，在抑郁症和镇痛药方面更为重要，也给这类药物研发带来更大的困惑。安慰剂效应的存在本身也会干扰药物改善效果的统计学分析结果。特别是某些药物的作用没有超过安慰剂效应，这可能误伤许多真正有效的药物。
对具体的临床改善来说，安慰剂效应是应该提倡的工具。医生应该全面理解，灵活掌握和充分发挥安慰剂效应。其实医术高超经验丰富的医生也是利用安慰剂效应的高手。设想病人看医生时，医生通过暗示、安慰和诱导，让病人病情缓解甚至完全康复，不药而治是非常高的境界。但这种高水平的医生多是很早以前的，现在已经比较罕见。
