氢气对人非常安全。
氢气对人的安全性极大，安全性是个相对概念，理解氢气的安全性可与其他我们熟悉的气体比较。例如如果吸入100%氧气可以对人体造成严重危害，即使吸入60%的氧气，只要时间比较长，也会对肺造成伤害。而人体长时间吸入60%的氢气也不会产生任何伤害。就是说，和氧气相比，氢气的安全性更高。另外如空气，吸入8个大气压高压空气会产生严重的氮气麻醉，但是吸入8个大气压氢气则不会有麻醉作用，从这个角度讲，氢气比空气的安全性都高。
安全性方面，潜水医学领域人体试验是更重要的证据。由于氢气曾经在上个世纪作为一种理论潜水技术被广泛重视，人们开展了许多年动物和人体试验，研究发现将潜水员暴露在20个大气压氢气环境中，持续28天，除了对心率产生一定抑制和轻微麻醉作用外，没有发现对人体产生明显危害。潜水医学研究说明，氢气对人的安全性极高，超出大多数常见气体，安全性方面唯一和氢气接近的气体是氦气。
氢气是肠道细菌代谢物，人体消化道完全可以吸收部分肠道气体中的氢气，虽然多数人这种氢气的量比较小，但这毕竟是正常人体的环境因素，这个角度可说氢气属于人体内源性气体，有学者研究发现这种途径的氢气也能发挥抗氧化的生物学效应。有人甚至提出某些人所以长寿是因为体内氢气比普通人更高。人体内存在来自肠道来源的氢气，说明氢气是一种人体内环境气体，这也是氢气安全性的一个重要佐证。
最近10年随着氢气医学研究和产业的快速发展，氢气相关产品特别是氢水被大规模使用，虽然有部分人对氢气敏感，甚至有一些人喝氢水会发生腹泻和心慌等轻微不良反应，并没有发现氢气对人体的毒性作用。
