人体内氢气并没有多少氢气，氢气产生多少要依靠测定，不是依靠猜测。氢水是否有用更不是靠猜测，要依靠研究证据。虽然细菌能产生氢气的潜力非常大，但细菌利用氢气的能力也非常强，肠道内细菌产生的氢气进入人体的量并不多。
这个问题的潜台词是认为氢气即使有作用，但氢水溶解氢气少，并不是有效的给氢方法。目前氢气医学研究论文近1000篇，其中原创性研究论文，就是研究氢气改善疾病效应的细胞和动物研究论文也超过500篇。其中采用吸入氢气的不足三分之一，大部分都是使用氢水，有的是通过饮用，有的是通过注射氢水。就是说氢水给氢气的办法是经过大量医学研究证明的给氢气方法。肠道内细菌产生氢气也是氢气医学研究非常关注的科学问题，也有人通过增加肠道内细菌产生氢气实现氢气的医学效应。如何看待肠道内细菌产生氢气的作用是一个重要的问题，但并不是反对氢水有疾病改善效果的依据，至少不能因为这个原因就否定氢水的方法。
有人甚至说肠道内细菌可以产生12升氢气，其实这个是早期研究肠道菌群的学者一种推测，后来已经有大量研究推翻了这个说法，仍然被一些坚持反对氢气医学人作为武器。真正判定来自肠道的内源性氢气多少，必须测定人的血液和呼吸气体中氢气的含量，测定的结果表明血液内氢气含量非常低，每个人的含量差别也比较多。人体产氢很有限，否则生活在密闭空间内的宇航员或潜艇艇员就非常危险了。通过饮用氢水，从呼吸气体中检测氢气浓度会迅速大量增加。说明来自肠道内的氢气并不是想象的那么多，通过饮用氢水来补充是可行的给氢气方法。
当然，氢水不是唯一给氢的方法，从剂量角度考虑，吸入氢气能获得更高的剂量，吸入也是氢气医学重要的手段和方法。从应用角度看，吸入是更接近医疗的方法，需要采用专业设备。氢水则是一种简单的饮料，可归类为功能饮料，进入千家万户的门槛比较低，所以现在市面上有大量氢水和氢水制造相关产品。
人体产生多少氢气是很早就被学术研究的内容，如1969年《新英格兰医学杂志》文章中测定结果表明，人每分钟大约产生0.24毫升氢气，大约每天300毫升左右，即使是吃乳果糖这种能大量促进氢气产生的物质，也只有每分钟1.6毫升，并没有达到有人声称的可以每天达到13升。
