两种方法都是使用氢气的合理方法，各有优势。两种方法获得的氢气剂量不同，侧重点不同，吸入获得氢气量多，不受饮水量限制，适合医疗。氢水简单易行，适合健康生活方式。
吸氢气和喝氢水都是摄取氢气的可行方法，都有许多医学研究证据，都有一些临床研究。
学术研究角度，喝氢水和吸氢气的研究论文数量相当。2007年《自然医学》报道的氢气改善疾病是使用呼吸含1-4%浓度氢气，呼吸氢气时，血液中气体的浓度会随着呼吸时间延长从低到高增加，一般30分钟可以达到最大血液浓度。2008年后喝氢水的效应研究就有开展。近年来也有采用吸入高浓度氢气改善疾病的研究。
一般来说，氢水的应用主要作为日常保健，氢气吸入侧重于疾病改善。而且现实中饮用氢水的人多是亚健康人群，吸氢气的则多是各种疾病患者。
相对来说，呼吸氢气的方法能明显提高机体摄取氢气的量。吸入氢气后，氢气通过肺摄取进入血液，然后经过大循环经过动脉系统运输到达全身各处组织器官，吸氢60分钟后，脑组织氢浓度也达到饱和，继续吸氢可以维持在饱和浓度。通过喝氢水，由于氢气在水中的分压非常高，经过消化道摄取速度非常快，但氢气总量有限，这导致摄取氢量有局限性。尽管通过一定技术如纳米气泡能显著提高水中氢浓度，但仍无法达吸氢气同样剂量。只要能解决安全使用问题，呼吸将是疾病改善的合理方法。虽然氢水也有临床试验研究，但目前氢气吸入设备是国际上医疗器械研发的主要方向。
虽然吸入比氢水剂量更高，但对两种方法改善疾病效果对比研究仍十分少见，无法确定具体哪种方法更为理想。我个人估计，对消化系统相关疾病，氢水有优势，对呼吸系统疾病，呼吸氢有更大优势。吸入时氢气只在血液内，难以进入消化道内，对消化道疾患效果可能不理想。如氢气吸入对结肠炎就不如氢水的效果好。为氢气对人体安全性高，从效果角度考虑，吸氢喝氢水联合应用可取得更全面理想的效果。
