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氢吸入改善移植诱导的肠移植损伤中的氧化应激。吸入氢气在大鼠肠移植中发挥抗氧化和抗炎作用。富氢保存保护同种异体肠移植物，并在移植过程中改善受体胃功能。
肠道内排放的气体与排便密切相关。在肠易激综合征的情况下，与肠道细菌释放大量氢气的患者相比，释放大量甲烷的肠道细菌患者排便次数明显减少，废物通过小肠的时间更长，更容易便秘。当患有腹泻型肠易激综合征且产氢细菌过度生长的患者的抗菌药物抑制了氢的产生时，防止了消化道的不规则收缩，腹泻症也状变得不那么严重。肠道细菌产生的气体极大地促进了肠道的正常功能，肠道细菌流的重要性已得到再次证实。
在几种动物模型中研究了氢在减少特定器官炎症中的作用。在胃肠道水平上，富氢盐水具有保护作用。
口服乳果糖是一种有效的氢诱导剂，被结肠微生物群消化并显着增加氢的产生，表明其潜在的抗炎作用。
乳果糖是一种通过增加产氢改善炎症性肠病的间接抗氧化剂。由胃肠道细菌发酵的乳果糖可以产生大量的氢，作为一种独特的抗氧化剂，对DSS诱导的结肠炎具有保护作用。
氢介导右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎症抑制。
Zhang等人报告Acarbose通过增加氢生产来治疗溃疡性结肠炎。
富氢水部分缓解右旋糖酐硫酸钠诱导的慢性溃疡性结肠炎小鼠的炎症、氧化应激和肠道菌群失调。
氢的抗炎作用与抑制活性氧的产生和促炎细胞因子的释放有关。
在溃疡性结肠炎大鼠模型中，腹腔注射富氢生理盐水（0.6 mM）可减少体重减轻和腹泻，并减轻结肠粘膜损伤。此外，富氢盐水也与抑制溃疡性结肠炎模型中血管内皮生长因子表达增加有关。
在乙酸诱导的大鼠溃疡性结肠炎中。在10-20 ml/Kg的富氢盐水溶液中腹腔注射氢2周，可减少结肠粘膜损伤的各种宏观和微观指标。
通过腹腔注射10或20ml/kg富氢盐水供应氢气。氢处理每2天进行一次，持续2周。根据粪便稠度和体重减轻评估溃疡性结肠炎的发展。使用宏观和微观观察对实验结束时的结肠粘膜损伤进行评分。采用免疫组织化学法测定结肠粘膜中血管内皮生长因子的表达。
乙酸诱导大鼠急性溃疡性结肠炎，表现为腹泻、体重减轻和结肠粘膜损伤。富氢盐水治疗可减轻溃疡性结肠炎大鼠的体重减轻和腹泻，减轻结肠粘膜损伤。此外，溃疡性结肠炎大鼠血管内皮生长因子的表达增加，氢处理可抑制其表达。
抗氧化富氢盐水有效地保护大鼠免受溃疡性结肠炎，这可能至少部分是由于血管内皮生长因子的抑制。
除了抗氧化作用外，氢还抑制血管内皮生长因子的表达。氢可能对辐射引起的肠道损伤发挥保护作用。
小肠移植过程中保存不良和缺血再灌注损伤仍然是受体发病率和死亡率的主要原因。氢治疗改善了大鼠小肠移植模型中移植诱导的肠道损伤，包括粘膜侵蚀和粘膜屏障破坏。预加载氢的肠移植物在啮齿动物肠移植中表现出优越的形态和功能，最终促进受体存活。富氢盐水治疗还减轻了小鼠模型中的结肠粘膜损伤和术后肠梗阻。
