氢气具有疾病改善作用，有多种使用方法，其中最基本的方法包括呼吸氢气、饮用氢水、注射氢水、氢水洗浴、产氢胶囊等等。
大量研究表明，呼吸、饮用和注射等方法都具有疾病改善作用，从剂量吸收角度，只要氢气浓度足够高或呼吸的时间足够长，呼吸可以摄取的氢气量最为可观，但是现在缺乏剂量效应关系的研究，因此无法明确到底应该多少氢气才能产生最理想的效果。不过单从剂量角度考虑，呼吸氢气产生效果的可能性会更大，效果也可能更明显。因此氢气吸入更适合作为医疗手段。
不同的途径有不同的优缺点，例如饮用氢水虽然不能达到呼吸氢气那样的氢气摄取量，但是饮用氢水对胃肠道，尤其是胃肠道菌群产生的影响可能有独特性，有研究提示氢水饮用对肠道菌群可以产生明显的影响，这是呼吸氢气无法实现的目标。氢水注射和饮用相比，也无法对胃肠道产生直接的效应，但是注射可以在短时间内实现准确给氢气的目的，更适合于临床应用。氢水沐浴则是通过皮肤摄取氢气，这对于皮肤疾病的改善有更独特的价值。类似的可以通过局部使用氢水的方法，例如面部湿敷和滴眼液都可以产生各自独立的效果。产氢胶囊则能在稳定长时间摄取氢气方面有更明显的优势，也更加方便携带和使用。
总之，不同给氢气的方法各有优势，也各自存在局限性，可以根据不同的情况选择使用。对具体个人来说，效果和方便性是首先考虑的因素，可以根据情况尝试不同的方法，或者多种方法联合使用。
