氢气医学目前有两个突出问题，一是氢气改善疾病的临床研究证据不够充足，二是氢气生物学效应的分子机制不够明确。临床研究证据虽然不容易，但解决的途径比较简单，只需要加大投入就可实现。但是生物效应机制研究则不是靠投入能实现的。
10多年来的研究反复证明，氢气确实具有生物学作用，呼吸氢气和氢水注射或饮用等多种给氢气方法的研究结果证明，氢气对多种疾病和损伤具有改善和潜在改善作用。氢气改善疾病存在四个突出特点：
1、可改善疾病种类多种多样;
2、只对损伤有作用但对正常生理功能没有影响;
3、氢气发挥作用的剂量非常小;
4、能改善疾病但没有副作用。
这些特点，有学者甚至称之为氢气医学悖论。氢气医学作用这种过度美好的几乎悖论的特征也引起许多人对氢气医学产生怀疑。
根据我的研究经验和多年思考，我认为氢气医学研究应该在两个方面重点考虑。1、氢水对肠道菌群的影响，2、氢气是一种稳态调节剂。
为什么要强调肠道菌群?首先是氢水饮用对胃肠道菌群产生影响有理论基础，肠道内不仅存在大量可以产生氢气的细菌，也存在许多代谢氢气的细菌，氢气作为肠道菌群最重要的代谢物，氢气也必然对肠道菌群产生显著影响。氢气代谢相关菌是肠道菌群的最主要成员，也必然是维持肠道菌群正常促进机体健康的重要因素。
氢水饮用后，许多慢性病如帕金森病和类风湿关节炎等神奇康复，这些疾病都和肠道菌群存在密切关系。许多便秘患者饮用氢水后症状明显缓解可能是影响了肠道菌群。
奇怪的是，许多人使用后发现呼吸氢气对胃肠道疾病的几乎毫无作用，这可能和呼吸氢气无法抵达肠道内部有关。深入系统研究氢水对肠道菌群的影响可能对理解氢气作用的分子靶点和疾病改善多效性提供关键证据。
氢气不可能只通过肠道菌群发挥作用，细胞学研究证明氢气能直接减少多种因素导致的细胞损伤。
除菌群作用一种方式外，氢气对机体组织细胞作用的分子基础，仍然是氢气医学研究的核心任务。目前流行的观点依然认为，氢气改善疾病是通过选择性抗氧化产生抗炎症抗细胞死亡的保护组织损伤的效应，随着研究的深入，发现大量生物活性分子发展变化，但这些变化可能是伴随现象或者继发性改变，属于某些核心和关键上游分子改变的后效应。寻找这种核心上游启动分子或说氢气受体，是氢气医学研究的理想研究逻辑。在致力于寻找这种目标效应分子氢气受体的同时，让我们重新审视一下氢气的特点。氢气这种没有结构复杂性的气体对称分子，理论上不可能存在特异性结合目标，也意味着不存在这种类似氢气受体的分子。但是缺乏复杂结构并不是否定存在受体的理由，生物受体多种多样，理论上任何生物分子和信号都存在受体，例如光、电、磁有受体，氧气和一氧化碳有目标分子受体，氢气是细菌代谢核心分子，一定存在特异性结合氢气的生物分子机制，我们不能简单推测不存在这种分子，而在逻辑上否定这种研究思路。
在没有确定氢气受体情况下，也许我们应该从另外角度看待氢气这种特殊身份的分子。一是氢气具有一定还原性，氢气分子相对比较稳定，在普通化学物理条件并不容易发挥作用，生物体系理论上存在降低氢气活化能的催化条件，使氢气能参与细胞氧化还原代谢。2015年，英国学者给动物腹腔注射氘气，证明氢气在大鼠体内代谢的速度和效率非常高，说明氢气在高等动物组织内非常容易参与氧化还原反应，提示氢气可能并不是那么惰性。如果是这样，氢气可能会直接影响甚至参与细胞内氧化还原过程，氧化还原平衡是细胞稳态的关键组成，氢气由于其分子体积小，扩散能力强，发挥还原作用后被氧化成水，不会干扰细胞内稳态。从这个角度看，氢气具有调制细胞内氧化还原稳态的作用，可以说氢气是一种氧化还原稳态调节剂。氢气在发挥氧化还原稳态调节剂的前提是存在可以催化分解氢气的生物化学环境，这种细胞内环境的关键催化分子也就是氢气作用的目标分子。根据氢气具有还原性的特点，这种分子是高活性电子接受体可能性比较大，一些强氧化金属离子如存在于蛋白活性中心的三价铁离子可能是氢气作用的靶点结构。
