氢气吸入改善疾病如何使用是这个领域经常遇到的问题，比较容易让人接受的看法是越多越好，就是尽量多吸，吸入浓度足够高，总体就是增加剂量。也有人认为吸入过多氢气没有必要，因为无论是增加浓度还是延长吸入时间，都给实际应用带来困难。氢气医学研究还处于相对早期阶段，剂量效应关系的研究数据非常少，其实目前对如何使用才能获得最好效果，整个领域内并没有明确统一的看法。
效果越多越好是一种基本态度和原则，但是真的效果越多越好吗?多到什么程度，是不是要吸入高压的氢气才可达到最佳有效剂量?是小浓度延长时间好，还是单纯增加氢气吸入浓度好?这些都没有研究结论。氢气越多效果越好只是简单逻辑，是基于氢气对人体没有毒性，所以为达到最佳效果尽量多摄取氢气。效果越多越好看起来比较合理，但医学不是单纯靠理论，是需要研究证据来说话的。至少越多越好给实际应用带来复杂性和风险，毕竟氢气是可燃性气体，必须考虑安全使用的问题。
根据我个人感觉和经验，我认为氢气使用中应有一定间隔时间，或者直接说是“氢气间隔吸入法”。就是尽量避免长时间吸入氢气，这个长时间有两层含义，一是单次持续吸入时间不要过长，另外一层意思是不要长期每天不间隔吸入氢气。这种间隔可能是影响长期效果的重要因素。
氢气是一种减少氧化炎症损伤的物质，但是氧化和炎症本身也是人体免疫和代谢基本功能的表现，氢气的价值在于不显著抑制免疫炎症和氧化反应，是在保持正常生理功能基础上减少氧化炎症损伤，是具有选择性抗炎症抗氧化的物质。但任何改善方法和手段发挥都最好在一个正常运转机体实现，无论是氧化应激，还是免疫炎症反应，健康机体都存在让某种反应恢复正常稳态的能力，强化稳态能力往往是需要适度伤害刺激，例如适度氧化应激和炎症反应能激活或强化稳态维持力。比较有效的适度伤害刺激往往是间歇性或周期性刺激，例如春夏秋冬引起高温和低温伤害性刺激，昼夜周期性光线强弱刺激，工作应激和休息调整的周期性过程，甚至一日三餐的代谢刺激，当然表现人体各种节律性现象，如睡眠和清醒，高兴和失落，体温升降等。总之，生物体是适应自然的产物，适度伤害刺激是保持身体健康稳态的重要因素，适合刺激的重要特点是周期性出现，任何伤害或保护性刺激持续作用，都有可能破坏和减弱这种周期性，导致机体适应能力下降。
氢气改善，尤其是持续性吸入改善，有可能会破坏这种良性伤害性刺激的周期，为了让氢气改善产生更好效果，保护周期性刺激，应该采用周期性吸入，例如每天多次，每次间隔时间，一个最基本的原则是，吸入和休息时间要保持尽量一致，吸入时间不要超过休息时间，不要连续吸入等方法。当然也可以进行长周期的吸入，例如每天夜间睡眠时吸入，白天不吸入，这样可以配合睡眠调整身体状态的节奏。另外一个尽量和其他节律配合在一起，例如一日三餐为节点，餐后吸入1-2小时。等具体的方法可以探讨。要在吸入一段时间后适度休息，例如每周休息2天，或每月休息1周等等。具体方案需要摸索。
2012年就有日本学者发现，间歇1小时氢气吸入比持续不间断吸入氢气对小鼠帕金森病的改善效果更好。
Drinking hydrogen water and intermittent hydrogen gas exposure, but not lactulose or continuous hydrogen gas exposure, prevent 6-hydorxydopamine-induced Parkinson’s disease in rats[J]. Med Gas Res. 2012, 2(1):15.
