氢气擅长什么，不擅长做什么，这也是指导应用的重要问题。氢气不是万能药，氢气医学作用一定存在其局限和界限。
氢气医学研究到今天，存在着两个极端的看法，一个极端是彻底否定，认为氢气医学是伪科学，氢气不可能具有疾病治疗作用。二是完全肯定，认为氢气无所不能，氢气万能药。这两种态度都是不对的，氢气的生物学和医学效应不仅存在合理性，而且证据也非常明确，氢气的医学作用毋庸置疑。但是任何药物和疾病治疗方法都不能万能，主要是人和生物系统本身复杂性决定的，疾病是复杂生物系统结构和功能紊乱的表现形式，纠正复杂系统的医学方法不存在单一手段和物质去解决所有问题的可能。确实存在有多效性的药物，但没有可能存在通用药物。
既然氢气不是万能药，当然就有其解决的主要问题或治疗疾病，也有其不能解决的问题和疾病。那么那些是氢气最擅长的，那些是氢气最不擅长的，就是一个值得探讨和回答的问题了。
氢气医学的局限性或氢气不太可能发挥作用的疾病，这个问题需要进行非常全面系统研究，也很难准确回答。现在只能根据氢气自身物理化学和生物学作用特点进行推测。
目前学术界的看法是，氢气主要通过选择性抗氧化，或者通过提高氧化应激信号系统激活氧化还原平衡自稳态能力，来实现预防和治疗氧化损伤和炎症损伤等失稳态相关疾病。这决定了氢气作用的主要目标是炎症和氧化在病理过程中所占比例比较大的问题。例如有明确或明显的炎症过程和氧化损伤过程。结合过去研究的情况我们可以发现，对组织缺血再灌注损伤类疾病，药物和环境物理化学毒性损伤，慢性代谢性炎症类疾病，都可能具有一定作用。但是氢气难以在结构破坏为主的疾病中发挥作用，也难以在疾病晚期功能破坏比较严重的阶段发挥作用。在先天性基因缺陷和先天功能缺陷的疾病，氢气都很难发挥作用。例如氢气不可能让红色盲病人看到红色，不能让断肢长出新肢体，也很难让瘢痕组织变成正常组织，对无法让纤维化的组织也很难逆转。
如果说氢气医学的局限性，还有一种情况也可以讨论。就是氢气很难大量走入临床医学。氢气很难真正走进临床医学也主要是我个人的看法。今天的药物和医学都已经被商业化绑架，氢气作为一种低成本医疗工具，在技术上不具有复杂度，导致氢气的医用技术都难以实现商业利润。医生给某个病人使用氢气疗法，无法收起比较合理的费用，经济效应可能会导致医用和医生望氢兴叹。这种情况现在已经发生。另外让临床医生难以喜欢的是氢气不容易产生立竿见影的效果。无论是氧化损伤还是炎症损伤，都是损伤众多病理过程的一种，氢气抗氧化抗炎症也受制于剂量和活性等因素，往往不能迅速产生效果。尤其是氢气相对擅长的慢性氧化炎症损伤是长周期损伤过程，需要持续性干预才能产生理想作用。氢气这种相对温和的特点也不被临床医生喜欢。
