关于氢气与微循环的问题，我曾经见到过一些厂家在宣传氢水效应的时候，采用微循环测定仪，就是检测指甲下毛细血管血流速度的一种简单仪器，发现喝氢水后几分钟血流速度就会增加。但是这种检测需要有其他水的严格对照，否则无法排除单纯饮水带来的影响，最好应该设计呼吸氢气对微循环的影响，如果呼吸也有效果，我们可以说是氢气的作用，与水无关，如果呼吸氢气没有效果，只有喝氢水有效果，我们可以认为氢水是特殊的作用，虽然这比较难以理解。
有一篇来自《休克》的读者来信，来信中针对氢气的生物学效应机制提出一种理论，认为氢气可以通过影响微循环发挥生物学效应，如果说从微循环角度探讨氢气对一些疾病的治疗作用值得考虑，但把这种寻找证据的说法上升到理论的说法并不妥当。
2007年Nature Medicine上一篇关于氢气治疗疾病的研究启动了氢气生物学效应的研究。Ohsawa等同时提供了研究模式，吸引了大量学者的跟踪研究。他们的研究中发现氢气具有保护脑缺血再灌注损伤，可以通过选择性清除毒性自由基，特别是羟自由基和亚硝酸阴离子，这些毒性自由基是活性氧中作用最为强烈。随后的研究证明氢气不仅是抗氧化作用，还具有抗炎症、凋亡等效应，在各类器官如肝、肺、心、肾、小肠等损伤和疾病中均可发挥保护作用。使用氢气至少可以通过呼吸、饮用和注射氢气溶液的手段，谢等发现呼吸氢气可以通过降低HMGB1，减少氧化损伤对脓毒症具有治疗作用。Nagatani最近发现氢气可以通过影响细胞自噬保护全脑缺血损伤，提高动物生存率。
关于氢气医学的研究，现在显然遇到瓶颈。尽管越来越多的疾病被证明可以用氢气治疗，但没有一项研究清楚这种效果的本质。经典的解释也遇到质疑和挑战。因此非常需要新的理论来解释。本文作者曾经提出一种新的概念，认为氢气和一氧化氮、一氧化碳和硫化氢一样，也属于一种气体信号分子。
显然这也不能完全解释这种小剂量气体分子的效应。这里作者对这一概念重新考虑，无论是呼吸，还是注射等给氢气手段，氢气必须首先进入血管，这意味着氢气可以直接进入循环系统。但是没有人注意到微循环和氢气分子是否存在关系（这里逻辑上不通，可进入循环或微循环不一定就会有作用）。微循环是一种复杂的系统，对多种生理或病理生理过程具有重要作用。其中存在大量信号分子或蛋白之间的相互作用。那么，为什么不可以预测氢气分子对微循环可以产生影响。如对一些相关生物分子如抗氧化酶、自由基和炎症分子（这些已经都非常明确）。如果这个理论被证明存在，将是对经典理论的很好补充。许多研究已经证明氢气是一种新的治疗手段，对机体没有任何伤害性作用。我们应该努力将这一手段从基础研究推向临床。另一方面，探索分子机制也十分必要。我们相信氢气对微循环效应的研究将可以打破僵局，促进氢气生物学效应机制的深入开展。
